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營利事業結算申報選擇適用投資抵減獎勵惟未辦理所得基本稅額申報,經稽徵機關調查發現有應補徵之基本稅額時,營利事業不得申請更正調減已申報抵減之投資抵減稅額


財政部中區國稅局表示,營利事業已依所得稅法規定辦理所得稅結算或決算申報,並申報適用依法律規定之投資抵減稅額者,縱無所得基本稅額條例第7條第1項各款規定之免稅所得,仍應依該條例規定計算申報一般所得稅額及基本稅額,基本稅額大於一般所得稅額者,該差額即屬營利事業結算申報應自行繳納之基本稅額。營利事業如僅辦理所得稅結算申報,而未申報及繳納基本稅額,即已構成漏報基本所得額致短漏基本稅額之違章情事。至營利事業結算申報已選擇適用投資抵減獎勵惟未辦理所得基本稅額申報,嗣經稽徵機關調查發現有應補徵之基本稅額時,營利事業不得申請更正調減投資抵減稅額,並應依規定補繳經核定補徵之基本稅額及罰鍰。
該局舉例說明,假設甲公司98年度營利事業課稅所得額為5,000萬元,應納稅額為1,249萬元,當年度雖無所得基本稅額條例第7條第1項各款規定之免稅所得,但有申請適用投資抵減稅額990萬元,致一般所得稅額為259萬元(1,249-990),小於其基本稅額480萬元【(5,000-200)×10%】,甲公司應依所得基本稅額條例規定計算繳納基本稅額與一般所得稅額之差額221萬元(480259)。如甲公司僅辦理所得稅結算申報,而未依所得基本稅額條例規定申報及繳納基本稅額,且在稽徵機關調查後,始申請更正調減當年度申報抵減之投資抵減稅額為769萬元,俾使其基本稅額與一般所得稅額均為480萬元而無差額者,因其更正之申請係在稽徵機關調查後,稽徵機關應予否准,其經核定應補徵之基本稅額221萬元,應依同條例第15條第2項及裁罰倍數參考表規定處罰。
  該局進一步提醒,營利事業於選擇申報減除依相關法令規定之投資抵減稅額時,除應依所得基本稅額條例規定計算繳納所得稅外,並應充分考量抵減結果對一般所得稅額與基本稅額之影響,俾使尚未抵減之投資抵減稅額作最有效率之配置,以保障自身之權益。